終端查詢系統是在藥店和醫院的終端部署信息查詢終端，為消費者提供自助藥品信息查詢服務。消費者在購買藥品之后，在查詢機上刷掃藥品監管碼，監管網將返回查詢結果。可以查詢藥品的相關信息（主要包括藥品質量、有效期、價格、流向、是否停售、不良反應、藥店誠信等級等信息）；消費者可對比醫院和藥店對藥品的標價及其他信息是否與查詢到的一致，確保藥品的信息統一；也可以查詢藥品監管碼真偽，消費者可通過終端進行投訴舉報，確保了人民群眾用藥安全。

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